南北朝时期，秦叔宝（黄海冰饰）幼年父亲便惨遭杀害，更目睹隋兵肆意欺压百姓的世态，立志行侠仗义，后于在山东历城当了一名捕快，人称小孟尝。隋唐末年，隋文帝次子杨广（谢君豪饰）欲谋篡位，李渊为了避难，携全家离京返乡，途中幸得秦叔宝搭救。秦叔宝到达山东不久，杨广谋便篡夺了皇位。被判重刑的程咬金（林子聪饰）出狱后，与绿林好汉单雄信（任山饰）劫富济贫粉碎了隋军的多次征讨。深谋远虑的李世民（郑国霖饰）广纳贤才，招纳秦叔宝、程咬金、罗成（聂远饰）、徐茂公（谭建昌饰）、尉迟恭（寇占文饰）、裴元庆（释小龙饰)等英雄好汉率兵扫平了十八路反王。瓦岗寨起义后，群雄协力助李世民平定天下。本部以民间传说及历史故事综合改编的古装侠义电视剧《隋唐英雄传》，以南北朝时期，隋文帝一统天下始至李世民玄武门之变为历史背景，围绕唐朝护国公秦叔宝为核心人物，讲述秦叔宝、罗成、程咬金、单雄信、尉迟恭隋唐五虎等英雄人物匡扶正义的传奇故事。剧中还增加了李蓉蓉、单冰冰两位花容月貌的人物演绎群雄争战中的儿女情长。

　　公元1582年(万历十年)夏天的北京，怪事与奇案叠起。先是大明内库储银不翼而飞，从各地府县运来的大宗税银突然不知去向，国家铸银局的熔银大炉也因无银可铸而被迫停炉；接着便是被送入诏狱的两个江洋大盗神秘越狱，城外一个以做棺材为业的村子在一夜之间被杀戮一空；更可怕的是，一股来路不明的号称“江洋八子”的犯罪集团突然显身大街小巷和王公府邸……这猝然发生的一切，使得年轻的明神宗朱翊钧隐约感到了登基以来最大的危机正在向大明政权袭来。
　　奉命出宫缉拿巨盗的御前带刀侍卫钟元，好不容易找到了“江洋八子”的线索，却在捕捉时失手，被一个精于易容术的名叫“镜子”的巨盗轻易地从剑下脱身而去；不仅如此，在“镜子”的秘密策划下，“江洋八子”用最骇人听闻的方法成功地打劫了从江南运往京城的三十万两税银，使朝廷上下人心惶惶。这一连串的失误，使得钟元这位大名鼎鼎的第一侍卫遭受了连贬六级、锒铛入狱的处罚。
　　“江洋八子”这伙罕世大盗的猝然出现，不仅在京城引起了百姓的巨大恐慌、惊扰了皇城的六部朝堂，而且更是让神宗大刀阔斧追查税银流失巨案的计划连连受挫。
　　此时，负责追查税银流失案和主持铸银局开工的首辅大臣张四维也无可避免地遭遇了前所未有的困境：在以大太监冯保为首的东厂阄宦势力的操纵下，唯一知道失踪税银去向的征税司督察彭久灵被灭口于刑部大狱；从吕宋启运的三船银锭沉没于海上飓风，使得铸银局限期复工的旨令成了一张空文；而从各地银矿传来的不祥消息更是惊心动魄，因地方官府额外苛征矿税，使得矿洞久年失修，接连发生了几次大矿难，死者无数，银矿纷纷关闭。
　　已被国库税银的大量流失和铸银不济的局面弄得焦头烂额的神宗此时才知道，他面对的不仅是一个极端凶残的、像幽灵一样来去无踪的“江洋八子”犯罪集团，而且还面对着一个盘根错节、难以对付的冯保巨蠹势力。
　　更危急的是，由于国库中的储银全被冯保用充沙假银秘密偷换一空，致使镇守边关的防军到了无饷可供的可怕境地，从边境六百里加急送来的催银奏章，如雪片一样飞抵皇城，统领四十万大军的瑞王甚至给乾清宫运来了一车折断的兵器，暗示了一场即将发生的大兵变。
　　显然，国家已经面临了生死存亡的紧要关头。
　　在这国祚不永的危难时刻，忍辱负重的钟元毅然挑起了为朝廷力挽狂澜的重任。他在美丽而富有正义感的旧日恋人、隐居在深宫为夫守节的永宁公主的帮助下，从狱中逃出，以追踪捉拿“江洋八子”为突破口，扶倾厦于既倒。
　　冰清玉洁、心志高远的瑞王女儿兔儿，因逃婚而结识了钟元，成了钟元的忠诚助手，两人共同出生入死，同入魔穴，终于掌握了“江洋八子”的一个个不为人知的秘密：“江洋八子”由八人组成，首犯“镜子”，群聚在“镜子”身边的有刀子、雷子、花子、耗子、蝎子、浪子和影子。八人都身怀绝技，使用的武器更是五花八门，有鹅毛尖刺、雁翎双刀、折扇飞针；有能引下雷电的蝴蝶风筝，有一口便能致人死地的毒液，更有飞舞之下能碎人筋骨的白绸水袖。显然，要剿灭这帮大明开国以来最大的黑恶势力，困难重重。
　　与“八子”的数次交手，使钟元受到了一次次巨大的震动。当“雷子”在雷雨之中放飞的古怪风筝和“刀子”在死牢中从容贿官出狱的奇离经历让钟元又一次大为震惊时，钟元已经知道，他面对的不仅是一个个极其诡异而又危险的人物，而且在这些人物的背后，肯定隐藏着不为人知的命运秘密。
　　他决定要搞清这些秘密。
　　他知道，只有将这些秘密真正搞清了，才有可能找到他们的行踪，将他们一网打尽。
　　然而，钟元却绝对没有想到，在“江洋八子”的背后，有一只巨大而无影的黑手在操纵着！
　　这只黑手就是冯保！
　　冯保身为二朝元老，又仗着神宗是他一手抱大的特殊身份，一手控制了东厂和锦衣卫的大权，背着神宗疯狂地贪贿巨银。他的触角几乎伸遍了全国各府县的征税司局，网罗了一大批为他敛财的地方大小官员，编织了一张无人可破的黑网。而表面上，冯保极其清廉耿介，大智大勇，是个能为朝廷分忧解难的辅弼良臣。
　　冯保操纵“江洋八子”的联络人，就是“镜子”！
　　在冯保的策划下，“江洋八子”成功地洗劫了经过张四维千辛万苦的努力才升火开炉的铸银局，冯保将二百万两银子如数收入囊中。并且再次嫁祸于钟元，使钟元落入了死境，被推上了法场。
　　钟元的生死好友、锦衣卫指挥使卓勇秘密劫下了法场，在斩刀下救出了钟元。永宁公主和兔儿帮助钟元逃离了京城。
　　可是，当钟元得知“江洋八子”在寻找一个传奇人物“茧人”时，敏感到了一场更大的阴谋正在发生。他再一次回到京城，通过“八子”之一的“花子”，找到了“茧人”，得知了一个惊天秘密：先帝传下的五颗价值连城的夜明宝珠，就藏在永宁公主的府上！
　　同样也得知了这个秘密的冯保，与“镜子”密谋，要夺得这五颗宝珠，“以珠代银”，送往急等军饷的瑞王手中，以此作为结成同盟的条件。
　　而此时，因无银可供军饷的神宗，也决定要将这五颗宝珠运到西此关防，与西域人兑换成银两后，充作饷银。
　　于是，小小的永宁府成了争夺宝珠的生死场。
　　就在宝珠被夺的关键时刻，钟元的出现扭转了局面，宝珠被神宗夺回。“江洋八子”中的耗子、浪子、刀子和雷子也都先后被钟元翦除，这四个人的离奇命运以及如何走上犯罪道路的经历，强烈震撼了钟元。
　　然而，钟元又一次遭到冯保的陷害，反而成了“窍宝大盗”，再次被神宗定为“死囚”。
　　对钟元刻骨仇恨的冯保，也指令“镜子”对钟元实行反追杀。
　　一时间，钟元面临了双重杀戮，身陷绝境。
　　然而，曾被钟元的大仁大义感动过的东厂千户马风，与永宁公主、兔儿一起，保护了钟元；甚至连怀着不同目的的“花子”也在钟元危难时出手相救，使钟元死里逃生。
　　极端残酷的磨难使钟元对缉拿“江洋八子”和催毁冯保势力几乎失去了信心。就在钟元沉沦之时，永宁公主毅然走出了“守节”的阴影，陪伴着钟元度过了人生最困难的一段日子。钟元重新舔舐了自己的伤口，振作了起来，以囚犯的身份担负起护送宝珠去西北边镜的秘密使命。
　　令钟元万万没有想到的是，永宁公主和兔儿也陪伴着他也一路西去，与他一起开始了漫长的西行旅途。遵照皇命解押钟元去西北的卓勇和马风，并不知道钟元身负的重任，几次差点丢失了藏着宝珠的箱子。有一次，当藏着宝珠的箱子落河漂流十里之外时，钟元挣出囚笼，抱着皮筏飞追三日，才将宝箱找回。
　　而宝珠面临的最大威胁，是尾追而来的“镜子”等人。为了夺到宝珠，令“镜子”亲自率领剩下的“四子”，尾随着钟元追到了大西北。
　　钟元、永宁、兔儿为保护宝珠而经历的一次次生死搏杀和生死别离夺，惊天地泣鬼神！
　　心中曾经笼罩着巨大阴影的永宁公主，在西北大漠狂沙的洗礼下，心胸豁然开朗，在钟元所给予的博大的爱情中体验到了人生的欢乐和意义。兔儿也走出了父亲瑞王留给她的“六月为期”的死亡阴影，把生命的最后辉煌留给了她苦苦追寻的爱情——她死在马风的怀抱。
　　钟元的仁义之心和浩然正义，在大西北的高天广地之中产生了对邪恶势力的巨大震慑力量，而大西北这片神奇的土地所具有的深厚的人文境界所产生的自然感化力，也冲洗着一切邪恶。以“镜子”为首的“四子”，在这两种力量的震动中，各自选择了最后的归宿。
　　逼使他们四人走上犯罪道路的奇特命运，再一次让钟元感受到了心灵的巨大撼动。
　　令钟元最吃惊的是，“江洋八子”中最扑朔迷离的“影子”，竟然是他的好友卓勇！
　　卓勇留给他的最后一句话就是：如果有来世，我会做你钟元的真正朋友！
　　就在宝珠送到瑞王军营的时候，张四维在京城掌握了冯保鲸吞国家大量税银的铁证，从而一举摧毁了冯保的恶势力，将查没的银子赶运到了军营。
　　宝珠重又回到了大明的国库。
　　钟元是与永宁在大西北的沙漠中举行婚礼的，参加婚礼的只有一座座永远沉默的坟墓和一面面飘动的纸旗……
　　经历了一场场劫波的神宗，终于敏锐地看到，要匡扶大明正气、重振皇纲王宪，必须要找到一个从根本上解决吏治腐败的方法，而这个方法的最重要一环，那就是要在全国范围内建立一个清廉而有效的税政体制，阻断官员经济犯罪的来源；然而，要实施这个体制，首要之事就是封堵住国家财政上的巨大黑洞，翦除危害国家至高利益的邪恶势力。
　　就在钟元带着永宁公主回京的第一天，一个更大的在全国范围内查贪惩恶的使命，落在了钟元的肩上。
　　这一次，神宗交给钟元的是一把闪着珊瑚红光的御剑！

　　明朝天启末年，朝廷暗藏着一场宫变，天启皇帝病危待亡，却无子嗣继位，唯一的骨肉便是皇弟朱由检。大内总管魏忠贤阴谋用宫女的婴儿冒充太子承继大统，以保住阉党的荣华富贵。不料，那宫女却生下一个女婴。这时，已被驱逐出京的朱由检被锦衣卫捕回宫中，以为自己将被殉葬，万没料到竟继位成为崇祯皇帝。而宫女带着女婴逃至扬州，起名陈圆圆。
　　陈圆圆一日当中被卖了三次，落入妓院学艺。长成后，成了名满天下的歌妓。
　　崇祯即位后，立志中兴大明。然而朝廷始终内忧与外患。内忧是由于天灾全国饥民过半，中原一带以高迎祥、李自成为首的农民军蜂起；外患是关外的后金叛军压境，皇太极登基开国虎视关内。崇祯始终处于巨大的危机中，苦心竭虑地试图挽救大明。
　　陈圆圆被大太监王承恩选入宫中侍驾，她屡屡抗拒崇祯“圣宠”，却爱上了吴三桂。
　　中原农民军被朝廷官军围困在车厢峡，即将全军覆没。正当崇祯调兵将想一举全歼时，皇太极挥师南侵，兵临京城。万急时，崇祯坚持拒和迎战，率军民击退了皇太极，但中原义军又逃出生天，再度恢复生机。
　　崇祯把坚持“谋和”的蓟辽总督袁崇焕凌迟处死，让吴三桂升任宁远主将，为笼络其心，将陈圆圆赏赐给他，让他们奉旨成婚，婚后三天，吴三桂北赴边关，陈圆圆重返宫廷沦为人质。
　　高迎祥、李自成攻克凤阳，张献忠掘皇陵，大胜之时农民军内部发生了分歧……崇祯得知凤阳皇陵被毁，痛彻心肺，不食荤腥，孝衣理政。他迅即用全国力量来剿杀农民军，闯王高迎祥被捕，押送京城处死，张献忠也投降了官军，李自成继承了闯王之位。
　　后金日渐强胜，已完成了入关南侵的所有准备，就在出兵前夕，皇太极却发脑中风而亡，后金宫廷也随之陷入了夺位之争。勤政殿上亲王多尔衮与皇长子豪格领着各自的旗主横刀相向，万急时刻，庄妃在降臣洪承畴的指点下趁势将小皇子福临推上了皇位，是为顺治帝，而多尔衮成为摄政王，后金复归稳定。而庄妃为了福临的安危与后金未来，也屈身侍奉多尔衮。
　　李自成为闯王后率农民军席卷全国，迅速逼近京城……
　　崇祯拒绝迁都，决心守城应战到底，但这时人心尽丧，兵无斗志，臣子如鸟兽散。破城前夕，崇祯杀死亲生骨肉，自尽于煤山，大难中，陈圆圆救下三岁的小皇子。李自成进京后，开国大顺，登基为帝并搜捕小皇子，同时他极力拉拢驻守在山海关的吴三桂，同时，关外的多尔衮也在劝降吴三桂。
　　李自成的部将刘宗敏爱上了陈圆圆，强行住进吴府。
　　吴三桂终于决定“归汉不归夷”率军归降李自成，但在进京路上遇见管家，惊闻父亲被义军杀死，爱妾被刘宗敏强占……吴三桂怒发冲冠，立刻调头返回山海关。关前吴三桂又遇见亲自来劝降的庄妃与洪承畴，同意“顺清”，并借清兵剿灭大顺军，以图光复大明。
　　多尔衮为利用吴三桂，封其为平西王，并与他杀马为誓，将八旗军全交给他指挥。
　　京郊，清军、吴三桂的骑兵合击大顺军，李自成兵败，只得匆匆退出北京，临行前，刘宗敏不舍陈圆圆，强行带走了她，吴三桂大胜，但他想进京与陈圆圆相会时，却发现整个京城都住满了八旗军，多尔衮甚至不准吴三桂进城祭奠崇祯与家父，严令他继续追杀大顺军。吴三桂只得在城外遥遥拜祭，之后立刻统兵追杀残余的大顺兵，同时寻救陈圆圆。
　　山野，吴三桂与负伤的刘宗敏决斗，陈圆圆牵着小皇子奔来，试图阻止，但苦劝无效，她眼见着吴三桂杀死了善良的刘宗敏。……也就这时，李自成也在深山力战而亡，京城里小顺治被迎上了太和殿，满清占领了天下。吴三桂与陈圆圆破镜重圆了。
　　首先，多尔衮“以汉剿汉”令吴三桂南下追剿大明残余。在进兵路上，天下百姓都在唾骂吴三桂与陈圆圆，认为这一对痴男怨女是祸水，祸国殃民导致了大明灭亡，这时吴三桂倍感痛苦与悲愤……
　　接着，多尔衮在全国范围内搜杀“朱三太子”，而这个小皇子正依偎在陈圆圆怀抱中，相互之间已亲如姐弟……最令吴三桂痛苦的是，这时的陈圆圆突然怀孕了，吴三桂搞不清陈圆圆肚里孩子是自己的？崇祯的？还是刘宗敏的？……甚至连陈圆圆也搞不清。吴三桂觉得自己作为一个男子汉，忍受着天下最大屈辱！当满清密使要进军营搜查朱三太子时，吴三桂为了避免灾难缠身，当着陈圆圆的面，竟然愤恨的摔死那个三岁的小皇子！……剧痛之下，陈圆圆晕倒。
　　黎明时，吴三桂命令拔营南下，当他走进陈圆圆帐中时，只看见一把扯断银弦的琵琶，从此陈圆圆不知所终……
　　至此，崇祯年间大明、满清、大顺三方，改朝换代中的风云人物，流入历史长河……