世界观故事发生在时间和地点皆无法判明的超未来。世界由高度发达的网络（软件）和作为其现实载体的超构造体（硬件）所构成。本该是得益于科技繁荣发展的人类却由于一场灾难丧失了连接网络的资格和能力（相当于公民权）。没有了支配者的AI依据管理规定开始排斥失去了网络连接资格的人类。而忘却了曾经的繁荣的人们，只能在管理系统的阴影下苟且偷生。本作的舞台就被设定在这样一个人类日渐衰亡的世界。都市构造体作为舞台的世界就像一个巨大的高楼或者说是连接了所有建筑的巨大都市。大部分为超构造体所遮蔽，形成了阶梯结构。由于建设者的失控，都市构造体正在无止境地扩大之中，就本作故事发生的时间为止至少已抵达木星轨道面。根据统治局描述，正是都市的这样漫无目的地成长从根本上导致了波及全世界的混乱。其结果毋庸置疑的人口密度极度下降。环境就都市构造体所涉及的范畴由于其间散布的纳米机器人的作用保证了生物学上的病毒的排除实现了无菌状态。而这一成果则是由曾经机能正常运转时候的网络球给予统治局的指示所实现的。同一作者的《BIOMEGA》和《DEADHEADS》作品主体中的由于强力病毒引发的传染病在本作中原则上是不可能发生的。从这些设定中可以推断作为网络終端遗传因子的变异原因的“感染”不等同于其字面上的感染，很有可能是由于系统逻辑上的分歧所引起的。故事大纲探索者雾亥流浪在数千层无边无际的巨大阶梯都市之中。手持可以贯穿一切物质的重力子放射线射出装置追寻着网络終端遗传因子。

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。
　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。
　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。
　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。
　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……
　　“所以说过去的事情我不知道啦！”
　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。
　　对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。
　　接下来，应该在数码世界做些什么才好——
　　在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——
　　看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。
　　此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。
　　调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。
　　此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

OVA动画《巧克力与香子兰》的故事讲述了男主角水无月嘉祥离开了传统日本点心老铺的老家，以西式糕点师的身份经营着一家名为“La Soleil”的蛋糕店。然而在老家寄来的行李中，人形猫巧克力和香子兰混入其中。虽然嘉祥想把她们送回老家，但在她们的恳求下还是把两只喵娘留了下来，于是一个人和两只猫一起经营起“La Soleil”来。

故事发生在一个虚拟的奇幻世界之中。在这里，相对应的两人将手牵在一起，所产生的心灵连结“宁录”能够成为拥有着强大力量的武器。在传说中，这个世界上存在着掌控着一切的神，只要将神打败，就能够实现内心最强烈的愿望。长久以来，握手者们都将打败神作为目标，不断地战斗着，而一切因果的汇聚点就在大阪。
　　高槻手纲（齐藤壮马 配音）是对机械十分着迷的男子高中生，一次偶然中，他在研究室里邂逅了昏睡中的少女芥川小代理（诸星堇 配音）。手纲牵住了小代理的手，想不到小代理竟然从昏睡中醒来，两人成为了搭档。

樱木雏子（市道真央 配音）是一个个性十分内向和害羞的女孩，然而，她的心中却怀揣着成为一名戏剧演员的梦想。为了实现自己的梦想，雏子决定推自己一把，离开了熟悉的故乡，前往首都，她希望在那里能够结识到新的朋友，磨练自己与他人交往的能力。　　雏子住进了名为四季庄的宿舍里，让雏子没有想到的是，这里竟然是一家旧书店。在四季庄，雏子认识了很多朋友——个性开朗乐观喜欢吃书的奇怪少女夏川久依奈（富田美忧 配音）、平日里沉默寡言但一旦站在舞台之上就能够口若悬河的荻野千秋（东城日沙子 配音）、外表娇小可爱却一直十分努力的生活着的柊真雪（小仓唯 配音）。