“东京决战”一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。但是，鲁路修与弟弟罗洛的一次出行，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。
　　身为帝国王子的鲁路修，为了建立人人平等的世界、让妹妹娜娜丽幸福的世界，而使用GEASS，令人绝对服从的力量，带领黑色骑士团向帝国宣战。带上假面化名ZERO的他，却在一年前的“东京决战”中被好友朱雀击败，被帝国皇帝抹去了记忆。
　　现在，恢复记忆的鲁路修不仅要面对帝国的强大军事力量，更要面对虚假的弟弟罗洛、失踪的妹妹娜娜丽、不知敌友的中华联盟、内部出现分歧的黑色骑士团。面对内忧外患，鲁路修走上了GEASS之力的诅咒——孤独的王之路。

.hack是以网络世界“TheWorld”为舞台，以游戏、动画、小说、漫画等跨媒体形式一同展开的庞大计划。“TheWorld”的诞生出自德国天才程序员哈罗尔特·修伊克之手。当时他爱上了一位富家千金，虽然一开始并不顺利，但是那千金最后还是被感动了。但是，一场车祸却把这个本来美好的感情打碎了。哈罗尔特·修伊克无法承受这样的打击，作为天才电脑工程师的他，以他的妻子生前所写的叙事诗《黄昏之碑文》为蓝本，创造出了一个网络游戏——“Fragment”。然后他把这个程序推荐给了当时最大的网络营运商CC社，受到了社长的青睐。把部分不足做了调整之后，CC社把这程序做成了网络游戏“TheWorld”，并且推向全世界。.hack的故事就是讲述未来世界的网络游戏玩家登入了虚拟世界“TheWorld”里无法登岀而引起的各种事件。