前作《A Kite》的故事结束几年之后，宇宙空间站中，各位队员边吃着宇宙食品边抱怨食品的难吃，宇航员野口折外也是其中的一员。过几天是他女儿野口百合花的生日，他托付营养员土井光一将礼物寄送给女儿。地球上，警员我贺伦追捕连续杀人犯追音香衣，后者被迫躲入女厕并劫持了一名人质。正当我贺伦对胶着的情况左右为难之际，一位少女从暗处出现，开枪击毙了追音香衣。谁也不知道，这两件看似无关的事件，有紧密的关联，宿命的轮盘开始转动。©豆瓣

　　城市里连续发生着不可思议的奇怪事件，还有为解决事件聚集起来的拥有特殊力量的少女：修道院里的十四岁孤儿----叶山小十乃、身为偶像的----白藤菜月以及与前世的噩梦战斗的谜之少女----圣三咲。
　　想要审判污秽现有世界的人，想要保护现有世界的人，谁代表正义？谁又代表邪恶？
　　失去记忆的少年出现了，命运的齿轮分明已经开始转动，新生？毁灭？还是……不可知的未来？

　　的大致剧情是依靠心之光生出龙之影的主人公修为了拯救世界和伙伴一起战斗，主角修是一位好奇心很强的16岁少年。这出冒险活剧里，将会上演各种相遇和离别，体验喜悦和苦恼，为玩家带来久违的感动。有一天，修和他的朋友们发现他们的影子变成了怪物的形状，而“影子”正是本作游戏系统的关键词。在游戏中，主角一行最终将会面对试图使用被遗忘的远古强大魔法让世界陷入混沌的魔王Nene。修可以用自己的行动操控作为他影子的蓝龙，每一个角色的影子都有不同的形态，Jiro的影子是一头米诺牛，Kluke的影子是是一只凤凰。

在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。
伊出不登场。
随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。
月和L的初次见面的地方变更为放映室。
L想到了基拉对第二个基拉的回答。
松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。
在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。
L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。
部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。
三堂从建筑物坠落死亡。
纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。
奈南川是交通事故。

　　西历2071年，迷之机械细胞群突然开始了世界规模的人类讨伐作战计划。2074年，经过长期抗战之后，处于劣势的人类动用了最终破坏兵器，为了歼灭敌人，甚至不惜付出牺牲自己国家庞大国土的代价。于是主要大陆被分成了数块，南极大陆也消失了，地球上的50%以上的陆地被海水所淹没。大战经过了十年后……
　　原本在大战中受伤而退伍不再当飞行员的冬后大佐，却突然接到了特殊命令。负责教育驾驶日本海军机密研发的、汇集了所有最新设计理念的新武器的飞行员们。令人惊讶的是，这三名飞行员候补生都是十几岁的女孩子。精英军人家庭中成长的一条瑛花也就算了，看着与战争看起来扯不上边的IQ200的天才少女园宫可怜、以及看起来唯一的优点就是有精神的少女樱野音羽这两个人，冬后哑口无言……在严酷的训练中，三人之间的羁绊也越来越深了。
　　被称为“SKY GIRLS”的少女们，背负着人类的未来和希望。现在正翱翔在这广阔的天空中！！

　　地球上的人类的安危被来自冥王星的巨大陨石Tanatos(希腊神话)所威胁着。为了对抗Tanatos，人类以国际太阳系开发机构“ISDA”为发足点，秘密进行着一向不为人知的开发计划“D计划”，计划内容为利用在小笠原近海发现的迷之生命体“龙”进行生态兵器的开发，然后利用“龙”去直接破坏Tanatos，正在这个计划正在推进的同时，因事故在2年前失去家人的孤独少年与搭救他的迷之少女命运般的相遇了……有关谜之生命体“龙”是拥有高智能以及超级攻击力的究极生命体。在小笠原冲深海发现的卵状态的“龙”被送往“ISDA”秘密的进行着培育..

在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。
伊出不登场。
随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。
月和L的初次见面的地方变更为放映室。
L想到了基拉对第二个基拉的回答。
松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。
在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。
L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。
部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。
三堂从建筑物坠落死亡。
纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。
奈南川是交通事故。