在遥远的未来，一个说不定是被称作为地球也不一定的惑星，有一群全身机械化的武士们在那儿长期的战斗。当大地化为焦土，战争终告终结。人们再次耕种稻田，生产出不至于让生活有困难的数量的米。位于被群山环绕受到湿润气候恩惠的“钪纳村”也正在从战争的伤害中重新站起来，受惠于盛产的稻米。但是村里的人们却不能因为米量的丰渥而快乐起来。因为每年都会有黑色威胁“山贼”——过去再战场上风光一时的机械化武士们，数之不尽的席卷而来。战争终结之后的他们早已失去了生活的目的，转而成群结队的去蹂躏村庄抢夺稻米与女人。
　　抵抗即死--只知道耕作的农民们对于收获期的们的袭击除了无可奈何的接受之外，并没有其它生存下去的方式。对于在收获期之前前来视察稻米状况的山贼，康娜村的长老伪作倡导彻底抗战到底，不过村民们发出了反对的意见。但是伪作早就已经有击退山贼的妙计了，能够对付山贼的只有武士。
　　就这样血气方刚的少年利吉和分配水的巫女云母及小町姊妹代表村庄朝向沙漠另一方的村庄。虹雅渓展开旅程--对于自小生长在纯朴的康娜村的云母们而言，既杂然又人口众多的虹雅渓是个让他们好奇心与困惑感相互交杂的异度空间，为了拉拢武士所带来的米也被小偷给偷去。从小偷手中将米给夺还回来的是名为了修行而来到了虹雅渓的一个叫做胜四郎的年轻武士。虽然小町和利吉马上就想着要拉拢他，但云母却以“没有战场的气息”为由加以拒绝。
　　就在这时出现了一名云母一行人认为“就是他了”的武士，其名为勘兵卫，他将在街头上发生的斗殴事件一瞬间的处理完毕并离去。那耀眼的模样让云母直觉地认为他才是能够拯救村庄的真正的武士……

　　国立爱丽丝研究机关学园本部不同于一般的学园，只招收具备特殊能力的学生，这种能力被称之为“爱丽丝”。因为好友今井萤（钉宫理惠 配音）转学从乡间来到了城里的爱丽丝学园，无论如何也不想和萤分开的佐仓蜜柑（植村加奈 配音）因此离家出走，跟随萤来到了学园。但没有超能力的她根本无法进入，被学院老师鸣海先生（石田彰 配音）救助后，意外地开发了蜜柑的超能力，于是，机缘巧合下，蜜柑也进入了爱丽丝学园，达成了她和萤在一起的愿望。
　　新学校的生活有喜有忧。蜜柑所具备的超能力被同学嗤笑为最无用能力，和其搭档的又是问题少年日向枣（朴璐美 配音），不能见相依为命的爷爷，在各种挫折困难面前，蜜柑依然乐观应对，逐渐赢得了大家的喜欢，也收获了和枣的爱情，但前路依旧有各种困难在等着他们……

　　多马（皆川纯子 配音）是生活在岛屿上的平凡的少年，吉德（小林希唯 配音）是自幼生长在孤儿院中的孤苦少年，两端看似一生都不会有交集的命运，却被一个名叫海尔嘉（河原木志穗 配音）的少女联系在了一起。为了遵循少女的愿望，两个少年将和她一起出逃，前去那个少女魂牵梦绕的地方。
　　刑警库克斯（辻亲巴 配音）一直在调查一宗大量少年少女走失事件，在调查的过程中，一个叫做“贝佛鲁的孩子们”的群体出现在了他的眼前，他们白发，短命，在11岁时会集体死去，没有人知道他们为何而来又为何而死。然而这一次，由于海尔嘉一行人的参与，事件的真相即将揭晓。

绵羊是个开朗活泼、深受大家欢迎的居民，更重要的是他有一身漂亮的皮毛，还会跳精彩的踢踏舞。可是不久，小羊被人捉去剃掉了浑身美丽的毛发，再回到山野的他，看起来瘦骨嶙峋，而且光溜溜的活像丑八怪。他试着再跳跳踢踏舞，却迎来别人的一阵阵嘲笑与讥讽。受到伤害的他，在风雨交加的夜里，一个人辛酸的躲在岩石下。这时远处的一道光一点点冲破黑暗，鹿角兔快乐的来到他的身旁，然后一切都改变了。绵羊不再为他的外形而困扰，他成了一只跳跳羊，学会了跳跃，世界的视角也改变了，变得那么活泼生动。

　　封印不死兽后4年，剑崎等人过上平凡人的生活。但在某天，不死兽再次出现，而且要活捉天音，假面骑士们因此重新投入战斗……

　　The eight toon "participants" are parodies of famous cartoon figures Spanky Ham is a downloaded internet cartoon as mentioned in a previous episode (Newgrounds.com). Captain Hero is like Superman (DC Comics). Ling-Ling is like Pikachu from Pokémon (Nintendo Games). Xandir is like Link from The Legend of Zelda (Nintendo Games). Princess Clara is like various heroines from animated feature films (Walt Disney). Toot Braunstein is like Betty Boop (Max Fleischer, Paramount). Foxxy Love is like Valerie Brown from Josie and the Pussycats (Hanna-Barbera). Wooldoor Sockbat is like SpongeBob SquarePants (Nickelodeon Network). Guest toon Bucky Bucks is a combination of Donald Trump and Richie Rich (Harvey Comics).