当Alex,MartyGloria和Melman几个主角还在非洲悠闲度日（从《马达加斯加：逃往非洲》后），四只企鹅（首领Skipper,智囊Kowalski,最年轻的Private和最疯狂的Rico)已经回到了纽约中央动物园，并在此地执掌管理大权。与此同时他们还要执行各种秘密任务，时不时地他们就要从动物园逃出来执行任务。正当这一队企鹅觉得自己已经运筹帷幄之际，新邻居——Julien，一只狐猴王搬来动物园。现在企鹅们必须为动物园首领的宝座与之展开角逐。四只肥嘟嘟、憨态可掬的企鹅简直喜爱到了无以复加的程度。这四只可爱的小家伙在动画片《马达加斯加》中作为配角出场，但是，它们的风头绝对盖过那四个言谈举止行为动作故作牵强滑稽状的狮子斑马河马和长颈鹿！你可以在这部影片的“附属产品”——《TheMadagascarPenguinsinaChristmasCaper》（中文译名：马达加斯加企鹅帮圣诞恶搞记）中欣赏到它们的精彩演出。

充满了阳光和活力的夏天到来了！为了应付炎热的天气和即将到来了秋冬，汀克贝儿（梅·惠特曼MaeWhitman饰）和她的仙子朋友们此刻正忙得不亦乐乎。虽然身为仙子，但也有着各自不同的喜恶，汀克贝儿和薇迪亚（PamelaSegall配音）就一直看对方不太入眼，这不，为了一点小事，两人又吵了起来啦。令两人没有想到的是，就在这个节骨眼上，一个人类的孩子莉兹（LaurenMote配音）竟然在无意之中将汀克贝儿给捉走了！如果坐视不管，仙子们企图隐藏的仙子世界终究会被人类发现。为了解救同伴，薇迪亚前后奔走着，祸不单行，雨季来临了，一边是恶劣的天气，一边是陷入危险的汀克贝儿，薇迪亚会怎么做呢？