经过重重磨难，健四郎和尤莉亚终于迎来相聚的一刻，但是他们的时间所剩无几，在尤莉亚的请求下，健四郎开始讲述这些年来的故事：作为最强杀人拳——北斗之拳的唯一继承人，健四郎和爱人尤莉亚正准备展开新的生活。然而适值乱世，愚蠢的统治者亲手毁灭了原本的文明，活下来的人为了生存而选择暴力，杀戮成为当下的唯一准则。健四郎和尤莉亚遭遇南斗水鸟拳的阿殉，为了得到心爱的女人，阿殉不择手段，更在健四郎的胸口留下七个伤疤。痛失爱人，健四郎迎来生命的第一重磨难……

　　故事发生在一间私立学园之中，长濑准一（羽多野涉 配音）是一个平凡的男生，一直以来，他都和妹妹凑（平野绫 配音）一起过着波澜不惊的平静生活。一次偶然中，准一遇见了一伙不良少年正在欺负一名陌生少女，看不下去的准一挺身而出救下了少女，却被不良少年道出了自己想要隐瞒的灰暗过去。
　　让准一没有想到的是，被他所救的少女竟然在隔天成为了班上新来的转校生，她的名字叫片桐优姬（钉宫理惠 配音），更让准一吃惊的是，本以为对自己不抱什么好感的优姬居然自称是准一的未婚妻。就这样，在准一、凑和优姬之间，充满了波折与意外的三角恋情就此产生。

　　根岸崇一（岸尾大辅 配音）是一个老实巴交的青年，怀揣着对于未来的希冀，他只身一人来到东京念大学。崇一非常的热爱音乐，尤其是流行乐，他最大的梦想就是可以抱着吉他，将自己喜欢的歌唱给更多的人听。为了出人头地，崇一参加了新人音乐家招募的活动，哪知道在误打误撞之中加入了名叫“Detroit Metal City”的恶魔系重金属乐队，成为了其中的骨干。
　　崇一在脸上涂抹古怪的油彩，违心的以嘶吼的方式唱着狂野劲爆的歌，哪知道他的表演竟然意外的大受好评，很快，崇一就在重金属摇滚圈里出了名。崇一暗恋着名为相川由利（长泽雅美 配音）女孩，糟糕的是，相川最讨厌的就是重金属了，为了成就自己小小的恋情，崇一处心积虑的想要隐瞒自己大大的秘密。

　“即使如此人们还是不得不扪心自问、仔细斟酌……”
　　尖端岛是一个被油泥海包围着的小岛。
　　小岛因70年前发生的战争而被“南大陆自由圈”接管，アキユキ（男）与母亲一起在小岛上生活。
　　父亲经营着一间小诊所，过着与母子两人的分居生活。
　　某日，アキユキ与好友ハル以及フルイチ在上学的途中被卷入了一起爆炸事件。
　　爆炸中，アキユキ的手臂遭到了爆炸物射出的神秘光线的照射，变身成了名为“ザムド（Xam'd）”的怪物。
　　就在此时，名为ナキアミ的红发异国少女出现在因丧失自我而四处暴走中的Xam'd面前……
　　阻止Xam'd的暴走后，ナキアミ将アキユキ带上了国际邮船ザンバニ号。
　　アキユキ为了今后能够控制Xam'd的力量并回到尖端岛，与ザンバニ号上结识的伙伴们一起开始了环游世界的旅行。

堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。