世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动

2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面……
　　本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品

宇宙世纪0071。卡斯瓦尔和阿尔蒂西亚失去了父亲吉恩·祖姆·戴昆（Side 3 Munzo 自治共和国的主席），与父亲的亲密助手金巴·拉尔一起逃离了 Side 3。在地球上，他们以爱德华·马斯和赛拉·马斯的名字生活。与此同时，Side 3更名为吉翁自治共和国，副议长德格文·索多·扎比领导的扎比家族控制了国家。扎比家族已经追上了卡斯瓦尔和阿尔蒂西亚，并开始开发一种新武器“机动工人”，目标是地球联邦军。

そしてアニメ化発表！
　　制作はサンライズです！
　　巻頭のピンナップにロングインタビュー掲載！